Общее руководство Университетом осуществляет выборный представительный орган – Ученый совет в количестве 120 человек. Срок полномочий Ученого совета – пять лет. В состав Ученого совета входят ректор, который является его председателем, президент, проректоры, по решению Ученого совета деканы факультетов (директора институтов), предложенные ректором. Другие члены Ученого совета избираются на Конференции трудового коллектива университета путем тайного голосования.

Нормы представительства в Ученом совете от структурных подразделений Университета и обучающихся определяются Ученым советом.

Представители структурных подразделений и обучающиеся считаются избранными в состав Ученого совета или отозванными из него, если за них проголосовало более 50 % делегатов, присутствующих на Конференции, при наличии не менее 2/3 списочного состава делегатов. Состав Ученого совета объявляется приказом ректора.
Досрочные выборы Ученого совета проводятся по требованию не менее половины его членов, а также по решению Конференции. 

В случае увольнения (отчисления) члена Ученого совета из Университета, а также в случае освобождения от исполнения обязанностей проректора, декана или директора, они автоматически выбывают из состава Ученого совета.

Довыборы на вакантные места членов Ученого совета проводятся по представлениям структурных подразделений Университета тайным голосованием на Конференции.

Решения Ученого совета по выборам на вакантные должности, конкурсному избранию, представлению к ученым званиям, а также в других случаях, не противоречащих законодательству, принимаются тайным голосованием. Другие решения принимаются открытым голосованием.

Решения Ученого совета, принимаемые тайным голосованием, являются правомочными, если в его заседании принимает участие не менее 2/3 списочного состава, а за решение голосует более 50%, принявших участие в голосовании, и 2/3 принявших участие в голосовании – при представлении к ученым званиям.

Решения Ученого совета, принимаемые открытым голосованием, являются правомочными, если в заседании участвует более 50% списочного состава Ученого совета, а за решение голосует простое большинство присутствующих.

Ученый совет полномочен:

• принимать решения о создании и упразднении факультетов, кафедр, учебных институтов, научно-исследовательских институтов и иных структурных подразделений, принимает положения о них;
• устанавливать сокращенные сроки обучения лиц, имеющих среднее профессиональное образование соответствующего профиля или высшее профессиональное образование различных ступеней, а также лиц, способных освоить в полном объеме основную образовательную программу высшего профессионального образования за более короткий срок;
• величивать сроки обучения по очно-заочной (вечерней) и заочной формам обучения;
• переносить сроки начала учебного года;
• устанавливать объем и структуру приема студентов на первый курс для обучения в филиалах за счет федерального бюджета;
• утверждать положение о проведении текущего контроля успеваемости и промежуточной аттестации обучающихся;
• утверждать порядок создания и деятельности попечительского совета вуза и других советов по различным направлениям деятельности;
• устанавливать порядок создания и деятельности, состав и полномочия Ученых советов институтов (факультетов);
• устанавливать порядок обеспечения стипендиями студентов, обучающихся по очной форме обучения и получающих образование за счет федерального бюджета;
• назначать специальные стипендии и стипендии Ученого совета;
• определять виды доплат и надбавок, премий и других выплат работникам;
• устанавливать процедуру расторжения трудового договора с преподавателем в связи с его недостаточной квалификацией;
• утверждать положения о порядке формирования тематических планов НИР, отчетности о выполнении НИР, отчеты о научной деятельности;
• рассматривать возможность организации подготовки по основным и дополнительным программам профессионального образования, заявленным к лицензированию;
• давать согласие на сдачу в аренду объектов собственности, а также земельных участков;
• обращаться в Министерство с ходатайством о создании филиалов Университета;
• -заслушивать отчет ректора о деятельности Университета ежегодно в течение срока полномочий;
• принимать решения о возможности включения деканов факультетов (директоров институтов) в состав Ученого совета Университета без избрания на конференции;
• рассматривать основные вопросы экономического и социального развития Университета;
• осуществлять конкурсный отбор для замещения должностей профессорско-преподавательского состава и избирать деканов и заведующих кафедрами;
• принимать решения о представлении к ученым званиям профессора и доцента;
• передавать часть своих полномочий Ученым советам факультетов и представительным органам других структурных подразделений Университета;
• устанавливать учебную нагрузку для различных категорий преподавателей кафедр различного профиля;
• вносить на рассмотрение Конференции Университета дополнения и изменения к Уставу;
• утверждать план работы Ученого совета университета на учебный год;
• рекомендовать кандидатуры для зачисления в докторантуру, для перевода на должности старших научных сотрудников для завершения работы над докторскими диссертациями, к предоставлению творческих отпусков для завершения диссертационных работ, написания учебников;
• принимать решения о прикреплении к Университету соискателей для подготовки диссертаций;
• принимать решения о представлении работников Университета к государственным наградам;
• рассматривать другие вопросы, отнесенные действующим законодательством и Уставом Университета к компетенции Ученого совета.

Решения Ученого совета Университета вступают в силу после подписания председателем совета — ректором.

При Ученом совете созданы постоянно действующие комиссии и утверждены приказом ректора.